El Instituto Literario de García, precedente de nuestra Universidad, experimentó un gran auge hacia el último tercio del siglo XIX. Este crecimiento fue propiciado por la llegada de numerosos profesionistas, que combinaron sus labores en la renacida industria minera zacatecana con labores de cátedra.
Los nuevos maestros despertaron en sus alumnos la afición hacia la ciencia y la investigación; sin embargo, los procesos de enseñanza se encontraban limitados por la carencia de laboratorios. Así, para el año de 1849, según consta en las memorias del Gobierno del Estado, los preparatorianos zacatecanos apenas contaban con unos cuantos instrumentos científicos, para el estudio de la física y la cosmografía.
En 1852, fueron adquiridos los primeros instrumentos para las cátedras de Física y Química, los cuales, daría origen al laboratorio del Instituto de Ciencias, Desafortunadamente, de este material, poco o casi nada se conserva. La mayor parte de la colección que actualmente se exhibe en el Museo de Ciencias de la Universidad Autónoma de Zacatecas la conforman los aparatos que constituían el Gabinete de Física integrado por José Árbol y Bonilla en la década de 1880, durante su vinculación a la casa de estudios, cuando se dio a la tarea de incrementar el acervo instrumental de estas dos disciplinas.
Así, durante el Gobierno del General Aréchiga, se adquirieron los gabinetes de Física y Química y de Historia Natural, tanto en los Estados Unidos como en Inglaterra y Francia, con los que se fortaleció la enseñanza de la ciencia en el Instituto Científico y Literario. Fue precisamente el Ingeniero José Árbol y Bonilla, el encargado de recibir este acervo.
¿Por qué comprar Gabinetes de Estudio? ¿Por qué en Europa? Hay que situarse en el contexto temporal. En esa época, el positivismo era, prácticamente, la más relevante entre las corrientes de pensamiento. En México, la tendencia de la educación, al contrario de épocas pasadas, se inclinaba poderosamente hacia las ciencias exactas. El Gabinete de Física se utilizó en el Instituto Científico Literario y en la Escuela Normal y, en las primeras décadas de nuestro siglo, llegaron construirse algunos aparatos en los talleres de Artes y Oficios; que impartía el Ingeniero Ángel Ruiseco García.
Al correr del tiempo, debido a diversos cambios en el sistema de educación, la enseñanza de la física dejo de ser experimental, lo que tuvo como consecuencia el abandono de los aparatos que integraban el gabinete, los cuales se deterioraron por falta de uso y mantenimiento. En el año de 1974, los integrantes de la Academia de Física de la Escuela Preparatoria, en coordinación con las autoridades del plantel, comenzaron el rescate del gabinete. En 1981, la Dirección de Difusión Cultural, conjuntamente con la Escuela Preparatoria, presentaron el proyecto de integración del Museo, enmarcado en los festejos del 150 aniversario de la fundación de la Institución.
El trabajo realizado durante esta etapa fue: elaboración del inventario de los elementos del gabinete de física; recopilación de información referente a dicho gabinete y similares; análisis del estado de cada uno de los aparatos y selección de los instrumentos a reconstruir; reconstrucción mínima de aparatos con daños menores; mantenimiento primario de los aparatos; diseño de mobiliario y tipo de iluminación para la exhibición del gabinete, cálculo y distribución del área destinada al Museo.
En noviembre de 1982, se realizó la primera exposición del gabinete en los patios de la Preparatoria número 1. Finalmente, el 11 de octubre de 1983, el Museo de Ciencias fue abierto al público en el edificio que ocupó hasta octubre de 1997: Miguel Auza 322, en el Centro Histórico.
A partir de 1995 se inició una nueva etapa de restauración en la que se rediseñó el mobiliario y la iluminación, así como el guión museográfico, y, en un esfuerzo constante por mejorar los servicios que el Museo de Ciencias de la Universidad Autónoma de Zacatecas ofrecía a sus visitantes. En 1997 se trasladó al primer piso del edificio de Rectoría, en Jardín Juárez 147, sede que aloja sus exhibiciones y actividades hasta la actualidad.
A lo largo de sus más de 38 años de vida, el Museo de Ciencias ha construido estrategias para ir más allá de sus salas y ofrecer a la sociedad zacatecana una amplia gama de actividades de divulgación de la ciencia y tecnología. Con esto, gradualmente, se ha logrado establecer un Programa Integral de Actividades de Divulgación que atiende a sectores muy diversos del público con procesos que se adaptan para responder a las necesidades e intereses de cada caso.